二级建造师执业资格证书是由 省、自治区、直辖市人事部门颁发的。具体流程为：
1. 二级建造师执业资格考试合格者，由省、自治区、直辖市人事部门颁发由人事部、建设部统一格式的《中华人民共和国二级建造师执业资格证书》。
2. 取得二级建造师资格证书的人员申请注册，由省、自治区、直辖市人民政府建设主管部门负责受理和审批，对批准注册的，核发由国务院建设主管部门统一样式的《中华人民共和国二级建造师注册证书》。
因此，二级建造师应在考试取得执业资格的省、自治区、直辖市申请注册，并由相应级别的人事部门负责证书的具体发放工作。