自动化专业的毕业生 可以报考二级建造师。以下是具体的报考条件和注意事项：
学历要求 ：自动化专业属于工程类或工程经济类专业，因此报考二级建造师需要具备中专以上学历。工作年限要求：
报考二级建造师需要具备2年以上的建设工程项目施工管理工作经验。
免试条件
-已取得建设行政主管部门颁发的《建筑业企业二级项目经理资质证书》的人员，可以免试《建设工程施工管理》科目，只参加《建设工程法规及相关知识》和《专业工程管理与实务》2个科目的考试。
具有工程（工程经济类）中级及以上专业技术职称或从事建设工程项目施工管理工作满15年的人员，也可以免试部分科目。
增项条件：
已取得《中华人民共和国二级建造师执业资格证书》的人员，可以报考增项。
注意事项
各个省份的报考条件可能会有所不同，建议关注当地人事考试网发布的最新政策，以确保自己的报考资格。
在选择报考专业时，可以根据自己的专业背景和兴趣选择相应的类别，如建筑工程、市政工程、机电工程、水利水电工程等。
综上所述，自动化专业的毕业生在满足上述条件的前提下，可以报考二级建造师资格证书。建议提前了解并确认当地的具体报考条件，以确保顺利报名和参加考试。