当您遇到二级建造师证书被公司扣留的情况时，您可以按照以下步骤来解决问题：
沟通协商
首先尝试与公司负责人进行友好沟通，了解扣留证书的具体原因。
如果是因为工作需要，可以协商确定一个合理的期限和条件。
如果是因为误会或信息不对称，尝试澄清事实。
书面申请
如果沟通无效，您可以向公司提交正式的书面申请，要求归还证书。
劳动仲裁
如果公司仍然拒绝归还，您可以向所在地的劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。
法律途径
如果劳动仲裁未能解决问题，您可以考虑通过法律途径，如向人民法院提起诉讼。
准备相关证据，如劳动合同、证书复印件等，以备不时之需。
行业主管部门求助
向颁发二级建造师证的行业主管部门咨询，了解在您的具体情况下的应对策略。
补办手续
如果证书被扣留，您可以考虑向发证机关申请补办。
其他措施
如果证书是挂靠公司考取的，需要查看当时与公司签订的协议条款。
如果证书是个人自费考取的，离职后公司无权扣留。
如果遇到挂靠问题，您可以去建设部挂失证书。
请确保在采取任何行动之前，您已经收集了所有必要的证据，并考虑了所有可能的解决方案。如果需要进一步的法律帮助，建议咨询专业的律师或法律机构。