二级建造师的三种组织结构包括：
职能型组织结构：
在这种结构中，各种职位均按直线垂直排列，项目经理直接进行单线垂直领导。职能部门分别从其业务职能角度对下级执行者进行业务管理，各级领导不直接指挥下级，而是指挥职能部门。各职能部门可以在上级领导授权范围内，就其所管辖业务范围向下级执行者发布命令和指示。
线性型组织结构：
在这种结构中，每个参与者都只向一个上级报告，这种简单明确的上下关系使得决策过程迅速，但一旦项目规模扩大，可能会面临沟通效率低下的问题。
矩阵型组织结构：
这是最令人关注的一种结构模式。矩阵组织通过将员工按职能和项目并行划分，采用双重指挥系统，既能支持专业技能的深度应用，又能够灵活适配项目需求。在这种结构中，员工同时隶属于职能部门和项目组，可以更灵活地调配资源和人员。然而，这种模式需要良好的沟通与协调能力，否则容易引发职能部门与项目团队之间的冲突。
理解这些组织结构的特点和应用场景，有助于项目经理根据项目的具体需求选择合适的组织结构，从而提高项目管理的效率和效果。