如果二级建造师发现其聘用企业不配合注销证书，可以采取以下步骤和措施：
提供解除劳动关系的证明材料
注册建造师应向原聘用企业提供与原聘用企业解除劳动关系的有效证明材料，如解聘证明、解聘协议书、劳动仲裁裁决书或法院判决书等。
申请注销注册或变更注册
注册建造师可以向省级建设主管部门申请注销注册证书和执业印章。在申请时，需要提供上述证明材料，并说明需要注销的原因。
等待原聘用企业反馈
建设主管部门在接到申请后，会向原聘用企业核实相关情况。如果原聘用企业在7日内没有提供书面反对意见和相关证明材料，建设主管部门将予以办理注销注册或变更注册。
利用行政服务窗口
可以直接到证书注册单位所在省的住建厅行政服务窗口提交注销申请，并提供所需的证明材料。窗口工作人员会协助办理注销手续。
申请劳动仲裁或法院起诉
如果企业或黑中介不配合提供解除劳动关系的证明，注册建造师可以申请劳动仲裁或向法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。
跨企业注销
如果原聘用企业仍然不配合，注册建造师可以申请“跨企业注销”。具体操作步骤包括：在申报注销业务时勾选“申请跨企业注销”，并上传与原聘用企业解除劳动关系的有效证明材料。
通过以上步骤，注册建造师可以有效地解决聘用企业不配合注销证书的问题，并最终完成注销手续。建议在选择注销方式时，先尝试通过行政服务窗口或劳动仲裁等较为简便的方式解决，如果这些方法都不奏效，再考虑通过法律途径维护自己的权益。