如果您的二级建造师证书所在的公司不配合办理注销手续，您可以采取以下步骤：
协商解决：
首先尝试与公司进行沟通协商，看是否能够通过友好方式解决问题。
提交书面申请：
如果协商不成，您需要向原聘用企业提交《二级建造师注销注册申请表》及相关证明材料，如解除劳动关系的有效证明（离职证明、劳动仲裁书或法院判决书等）。
利用注册系统：
登录注册系统，按照指示进行注销手续的申报。如果企业不退回申请或逾期未配合办理，您可以通过注册系统的“维权申诉”栏目进行申诉。
法律途径：
如果企业仍然不配合，您可以向当地劳动仲裁部门或法院申诉解除劳动关系，以维护自身权益。一旦劳动关系解除的证明被维权部门出具，您可以再次申请注销。
申请强制注销：
根据《注册建造师执业管理办法（试行）》第十九条的规定，如果企业无故不办理注销注册或变更注册，您可以向省级建设主管部门申请注销注册证书和执业印章。
注意注销后的影响：
需要注意的是，强制注销后，您的信息仍然会显示在已注册人员中，但注销证书后若需重新执业，则需要重新考取证书。
请确保在采取任何行动前，您已收集并准备好了所有必要的文件和证据。