一级造价工程师注册证书遗失后，按照以下步骤进行处理：
纸质证书作废
根据《住房和城乡建设部关于取消部分部门规章和规范性文件设定的证明事项的决定》（建法规〔2019〕6号）的规定，遗失一级造价工程师注册证书的人员信息将被公布，且遗失的纸质证书作废。
电子证书使用
虽然纸质证书作废，但电子证书仍然可以使用。
声明作废
注册造价工程师遗失注册证书或执业印章后，应当在公众媒体上声明作废，并按照相关程序申请补发新证书或执业印章。
申请补发
具体申请补发的程序包括：
进入中国建设工程造价信息网。
进入“工程造价咨询企业、造价工程师管理系统”。
进入“注册造价工程师登录”，填写用户名及密码登录。
进入个人信息库，选择“机构内变更”，进入“造价工程师挂失申请单”，打印挂失申请表。
挂失申请表格一式二份，注册单位盖章。
在省级报纸上登遗失声明（原件交省造价管理站）。
注册造价工程师证书及个人执业章遗失情况说明（一式两份），本人签字，注册单位盖章。
提交资料
申请时，需要提交以下资料：
挂失申请表（一式两份，注册单位盖章）。
在省级报纸上刊登的遗失声明原件。
注册造价工程师证书及个人执业章遗失情况说明（一式两份），本人签字，注册单位盖章。
办事时间
资料提交齐全后，随时受理。
总结：
遗失一级造价工程师注册证书后，纸质证书作废，但电子证书仍可使用。需要按照相关程序在公众媒体上声明作废，并联系相关部门机构提交申请资料，以便补发新证书或执业印章。