业主在处罚监理工程师时，可以采取以下几种方式：
合同违约责任
根据监理合同的约定，业主可以要求监理方进行整改，甚至终止监理合同，并要求监理方承担相应的违约责任，包括支付违约金、赔偿损失等。
行政处罚
如果监理工程师的行为违反了相关法律法规或行业规范，可能会受到行政处罚。例如，未履行监理职责、泄露机密、参与违法行为等，可能会被责令停止监理工作、吊销监理资格证书、处以罚款等。
民事赔偿
如果监理工程师的行为导致了业主或其他相关方的经济损失，相关方可以要求其承担相应的赔偿责任。这可能需要通过法律途径进行诉讼或仲裁，根据损失的大小和性质来确定赔偿金额。
追究个人法律责任
如果监理工程师的行为构成犯罪，例如受贿、行贿、贪污等，可以依法追究其个人刑事责任。
更换不合格人员
业主可以要求监理单位更换不合格或不作为的监理人员，以确保工程质量和进度。
在具体操作时，业主应当首先查看委托合同中是否有关于处罚的约定，并按照合同约定执行。如果合同中没有明确约定，业主可以根据实际损失情况向监理方索赔，并要求更换不合格人员。同时，对于故意违法行为的监理人员，业主可以依据相关法律法规追究其个人和监理单位的法律责任。