监理工程师设计变更费用的计算主要遵循以下步骤和原则：
设计变更费用的计算公式
设计变更费用 = 设计变更工程量 × 单价。
设计变更费用的控制
设计变更费用一般应控制在建安工程总造价的5%以内。
由设计变更产生的新增投资不得超过基本预备费的1/3。
监理在工程变更费用审核中的职责
审查工程变更的合理性和必要性。
评估工程变更对项目进度、质量、投资等方面的影响。
审核变更后的工程量和费用。
监督变更实施过程，确保变更按照约定执行。
对变更后的费用进行核算，确保变更费用的合理性。
设计变更费用的计算细节
若设计变更仅包含由于设计工作本身的漏项、错误等原因而修改、补充原设计的技术资料，则费用计算较为直接，即按照变更工程量乘以单价得出。
若设计变更涉及到原设计图的部分实施和未实施内容的费用处理，则需要详细核算变更前后的费用差异，并考虑材料费、人工费、设备费等因素。
合同条款和费用调整
设计变更应视作原施工图纸的一部分内容，所发生费用计算应保持一致，并根据合同条款按国家有关政策进行费用调整。
费用支付和核算
变更费用经监理审核通过后，由业主支付给施工单位。
承包人应在收到变更指示后14天内，向监理人提交变更报价书，以便监理人进行费用核算和审批。
综上所述，监理工程师在设计变更费用的计算中，主要依据设计变更工程量与单价相乘得出初步费用，再结合合同条款和相关政策进行细致的费用调整和核算，最终确保变更费用合理且符合合同约定。