消防工程师主要在以下单位工作：
公安消防部门：
包括各级公安机关消防机构，负责消防安全管理、监督检查、火灾事故调查等工作。
设计院：
消防工程师在设计院从事消防工程设计、施工图审核、消防设施维护等工作。
建筑工程公司：
消防工程师在建筑工程公司负责消防设施的施工、安装、调试和维护等工作。
消防部门和相关企业：
除了在消防部门工作外，消防工程师也可能在建筑设计、工程施工、房地产开发等领域从事相关工作。
此外，注册消防工程师的资格认证主要由以下单位负责：
人社部（人力资源和社会保障部）：
负责制定注册消防工程师制度的暂行规定，并对考试进行宏观管理。
应急管理部：
负责消防产品的质量认证、消防设施检测、消防安全监测等消防技术服务机构和执业人员的资质、资格管理。
综上所述，消防工程师可以在公安消防部门、设计院、建筑工程公司等多个单位工作，并且注册消防工程师的资格认证由人社部和应急管理部负责。