如果企业不配合办理二级建造师的注销手续，注册建造师可以采取以下措施：
与原企业沟通
首先，注册建造师应尝试与原聘用企业沟通，了解不配合办理注销手续的具体原因，并尽量协商解决。
提供解除劳动关系的证明材料
注册建造师需要提供与原聘用企业解除劳动关系的有效证明材料，如解聘证明、离职证明、劳动仲裁书或法院判决书等，以便进行注销申请。
向劳动仲裁部门或法院申诉
如果企业拒绝提供解除劳动关系的证明材料，注册建造师可以向企业所在地的劳动仲裁部门或法院申诉，以维护自身权益，并获取解除劳动关系的证明材料。
使用注册系统的“维权申诉”栏目
注册建造师可以通过注册系统的“维权申诉”栏目提交申诉，并上传相关证明材料，请求相关部门介入处理。
申请跨企业注销
若企业仍不配合办理注销手续，注册建造师可以申请“跨企业注销”，即向省级建设主管部门提出变更或注销申请，并提供与原聘用企业解除劳动关系的有效证明材料。
申请强制注销
根据相关法律规定，注册建造师在提供与原聘用企业解除劳动关系的有效证明材料后，若企业仍不配合办理注销注册或变更注册，可以向省级建设主管部门申请注销注册证书和执业印章。
向省级主管部门申请注销
注册建造师还可以直接向省级建设主管部门提交注销申请，并提供相关证明材料，要求办理注销手续。省级主管部门在收到申请后，会向原聘用企业核实情况，若原聘用企业未在规定时间内提供反对意见和相关证明材料，则予以办理注销手续。
建议注册建造师在采取上述措施时，保留好所有相关证据和文件，以便在需要时能够提供充分的证明材料。同时，保持与相关部门的沟通，确保申请过程顺畅。