安全工程师证书的发放机关主要涉及 人力资源和社会保障部和 应急管理部两个部门。具体流程如下：
证书制作与发放
考试合格后，由各省、自治区、直辖市的人力资源社会保障部门负责颁发注册安全工程师职业资格证书（中级）。
该证书由人力资源社会保障部统一印制，应急管理部和人力资源社会保障部共同用印，确保证书的真实性和有效性。
具体颁发部门
各省、自治区、直辖市的人力资源社会保障部门负责具体颁发中级注册安全工程师职业资格证书。
考试合格者由这些部门颁发证书，这也是证书本地化管理和服务的重要环节。
证书样式
注册安全工程师执业资格考试合格，由各省、自治区、直辖市人事部门颁发人事部统一印制，人事部和国家安全生产监督管理局用印的《中华人民共和国注册安全工程师执业资格证书》。
综上所述，注册安全工程师证书的发放是由人力资源和社会保障部联合应急管理部共同负责的，具体由各省、自治区、直辖市的人力资源社会保障部门负责颁发。