消防工程师和注册结构工程师是两个不同的专业工程师职位，它们各自负责不同领域的工作。
专业领域
消防工程师：主要负责设计和规划建筑物的消防系统，包括火灾报警系统、自动喷水灭火系统、烟雾排放系统等，以确保建筑物在火灾发生时能够安全疏散人员和控制火势，保护人员和财产安全。
注册结构工程师：主要负责设计和规划建筑物的结构，包括建筑物的承重结构、基础、楼板、梁柱等，以确保建筑物的稳定性和安全性。
职责和工作内容
消防工程师：负责消防安全设计、评估和监督管理，参与火灾事故的调查分析，以及对消防设施的维护和检查。
注册结构工程师：负责建筑物结构设计、计算和分析，确保结构安全，并满足国家规定的抗震、抗风等要求。
资格证书
消防工程师：需要通过相应的职业资格考试取得资格证书，主要负责消防技术咨询、消防安全评估、消防安全管理等工作。
注册结构工程师：同样需要通过相应的职业资格考试取得资格证书，主要负责建筑结构设计、分析和评估等工作。
使用限制
根据住建部的规定，两个以上的执业资格证书必须注册在同一家公司内，因为注册时需要提交社保证明。
总结：
消防工程师和注册结构工程师在专业领域、职责、工作内容以及资格证书使用等方面都有明显的区别。虽然两者都是建筑工程中非常重要的角色，但它们各自专注于不同的专业领域，不能相互替代。