如果监理工程师的指示延误，并且这种延误导致了承包人费用增加或工期延误，那么 监理工程师应承担相应的责任并进行补偿。补偿的方式可以包括返还或扣减监理费用、赔偿由指令错误造成的损失等。双方应以诚信和公平的态度进行协商，确保双方的权益得到保障。同时，监理人应对错误进行深刻反思，并采取措施避免同类问题再次发生，以确保工程顺利进行。
此外，根据相关合同条款和法律规定，由于监理人未能按合同约定发出指示、指示延误或指示错误而导致承包人费用增加或工期延误的，赔偿责任应由发包人承担。
因此，在实际操作中，如果出现监理工程师指示延误的情况，承包人可以与发包人进行协商，要求发包人承担相应的赔偿责任，并确保通过协商达成公平合理的解决方案。