二级建造师证书是由 人事部、建设部进行盖印的。具体颁发过程如下：
考试合格：
二级建造师执业资格考试合格者，由省、自治区、直辖市人事部门和住建部门颁发《中华人民共和国二级建造师执业资格证书》。
注册管理：
取得资格证书后，二级建造师需要注册，注册时必须就职或挂靠一家有建筑工程资质的企业，由企业办理注册登记。
报名审核：
首次报考二级建造师时，需要现场资格审查，其中包括在报名表上盖章，且公章单位必须与考生填写的工作单位一致。
因此，二级建造师证书上的章是由人事部、建设部盖印，而报名时的审核也需要考生所在单位的公章。