造价工程师跨机构变更需要遵循一定的程序，以下是详细的步骤：
提交变更申请
申请人需在变更工作单位后的两个月内办理变更注册手续。
若变更工作单位在同一地区或部门注册机构，管理机构审核通过后将变更内容登记在资格证书的“变更登记栏”。
跨省级或部门注册机构变更
申请人需持变更申请表、原聘用单位解聘证明或到期合同、现聘用单位聘用合同向原注册机构提出申请。
原注册机构审核后，收回其原执业专用章，并出具同意注册变更的意见；申请人的注册证书、执业证章编号需重新更换。
新注册机构对申请人变更资料审核后，出具同意变更意见并连同原注册机构的有关材料及原注册证书，一并报中国建设工程造价管理协会审核。
中国建设工程造价管理协会审核同意后，为准予跨注册机构的变更注册办理变更注册手续，并在其注册证书的变更注册栏内签署意见。
跨省辖市变更
造价员在网上管理系统进行申请后，携书面资料先到原省辖市工程造价管理机构办理转出，原管理机构在变更申请表签署同意转出意见并加盖公章，收回原专用章后，本人再携书面资料到转入省辖市工程造价管理机构办理转入。
转入核准后，在造价员原资格证书工作单位栏盖“单位已变更”章，在变更记录栏中记载现工作单位名称，加盖省辖市造价管理机构公章，并制作专用章。
提交书面资料
办理省内变更需提交《江苏省建设工程造价员从业变更申请表》两份、本人与变更后单位签订的聘用（劳动）合同、造价员资格证和专用章。
本省造价员因工作调动需要换发外省或中价协各专业委员会颁发的造价员资格证者，应在网上管理系统申请，经原省辖市工程造价管理机构在申请表签署意见并盖公章后，持下列资料到江苏省建设工程造价管理总站申请办理转出手续：《江苏省建设工程造价员跨省转出申请表》、造价员资格证书和专用章。
持有外省或中价协各专业委员会颁发的造价员资格证者，转入本省从事工程造价工作，申请人需先持原证书颁发机构出具的转出手续、造价员资格证和专用章到省建设工程造价管理总站办理审核和系统数据入库，并收回原资格证和专用章。
备案
各省级、部门注册机构在每个季度的第一周将申请变更注册人员资料汇总，并报建设部备案。
建议：
造价员在办理跨机构变更时，应提前了解并准备好所有必要的材料，确保按照规定的流程进行申请和审核。
由于变更注册涉及多个机构和部门的审核，建议保持与各方的良好沟通，确保变更过程顺畅。