如果二级建造师不配合注销，可以采取以下步骤和措施：
申请跨企业注销
如果二级注册建造师已与聘用企业解除聘用合同关系，但聘用企业不配合注销个人证书，可以申请“跨企业注销”。
申请时需要提供与原聘用企业解除劳动关系的有效证明材料，如原单位解聘证明、解聘协议书、劳动仲裁书、法院判决书等。
向建设行政主管部门申请
联系当地建设行政主管部门，提交书面申请，说明情况，并按照流程办理注销手续。
在申报二级建造师注销业务时，需勾选“申请跨企业注销”，并上传相关证明材料。
收集证据并寻求法律援助
保持沟通，收集证据，并在必要时寻求法律援助。
如果原聘用企业不配合出具解聘或离职证明，可以向劳动仲裁部门或法院申诉解除劳动关系，以维护自身权益。
通过注册系统申诉
登录注册系统，申报二级建造师注销手续，并在企业退回申请或逾期未配合办理的情况下，通过注册系统的“维权申诉”栏目申诉，并上传相关证明材料。
直接办理注销手续
根据《挂证专项整治通知》，对于专业技术人员与用人单位没有劳动关系或已解除劳动关系但未办理注销注册的情况，注册管理部门可依据个人申请及提交的与原用人单位解除劳动合同的书面证明、劳动仲裁、司法判决等材料，直接办理注销手续。
建议您尽快与原聘用企业沟通，了解不配合注销的具体原因，并采取上述措施之一，以便顺利完成二级建造师的注销手续。