造价工程师在计算工程款时，主要涉及以下几个步骤和要点：
工程进度款的计算
工程量的计量：根据《建设工程工程量清单计价规范》（GB50500-2008）进行工程量的计量。
单价的计算方法：根据发包人和承包人事先约定的工程价格的计价方法决定，一般分为工料单价和综合单价两种方法。
可调工料单价法：将人工、材料、机械再配上预算价作为直接成本单价，其他直接成本、间接成本、利润、税金分别计算。价格是可调的，在竣工结算时按工程造价管理机构公布的竣工调价系数或按主材计算差价进行调整。
固定综合单价法：包含了风险费用在内的全费用单价，不受时间价值的影响。
计算步骤：
根据已完工程量的项目名称、分项编号、单价得出合价。
将本月所完全部项目合价相加，得出直接工程费小计。
按规定计算措施费、间接费、利润。
按规定计算主材差价或差价系数。
按规定计算税金。
累计本月应收工程进度款。
工程预付款的计算
预付款额度：根据施工工期、建安工作量、主要材料和构件费用占建安工作量的比例以及材料储备周期等因素经测算确定。原则是预付比例不低于合同金额的10%，不高于合同金额的30%。
起扣点：计算公式为：起扣点 = 合同总价 - （预付备料款 / 主要材料所占比重）。
支付方式：
月度支付：工程月度进度款 = 当月有效工作量 × 合同单价 - 相应的保修金 - 应扣预付款 - 罚款。
分段支付：按照合同约定的工程形象进度，划分为不同阶段进行工程款的支付。
竣工后一次支付：适用于建设项目规模小，工期较短的工程。
竣工结算的确定与调整
竣工结算：根据工程项目的实际完成情况进行结算。
调值公式法：根据市场价格波动情况，采用调值公式进行价格调整。
设计变更、签证与索赔：
设计变更：无论由哪方提出，均应由建设单位、设计单位、施工单位协商，经由设计部门确认后，发出相应图纸或说明，并办理签发手续后实施。
工程签证：由于业主或非施工单位的原因造成的停工、窝工，业主只负责停窝工人工费补偿标准，机械停窝工费用也只按照租赁费或摊销费计算，而不是机械台班费。
索赔：索赔条件包括客观性、合法性、合理性，分类为工期索赔、费用索赔、利润索赔。步骤包括索赔意向通知、索赔的内部处理、提出索赔。
其他注意事项
工程造价的计算：需要考虑到工程的规模、地理位置、材料的种类和质量、人工的工资水平等因素，并进行充分的风险评估和控制。
税率：税金计算需要按照税务部门的规定进行，包括营业税、城市建设维护税、教育费附加和地方教育附加等。
通过以上步骤和要点，造价工程师可以准确地计算工程进度款和工程预付款，并确保工程的顺利进行和合同的履行。