监理工程师的认证机构主要有以下几种：
中国工程咨询协会：
负责颁发工程咨询、监理、勘察、设计等相关证书，包括专业监理工程师证书。
工程监理服务机构：
国内一些大型工程监理服务机构，例如中国电建、中国水电、华电等，也可以颁发监理工程师资格证书。
省级建设工程监理协会：
例如江苏省建设工程监理协会、福建省监理协会等，这些协会也可以颁发监理工程师资格证书。
中华人民共和国人力资源和社会保障部：
作为国家级资格认证机构，负责国家监理工程师资格证书的认证和发证工作，具体由各省、自治区、直辖市人力资源和社会保障部门的专门机构负责。
国家市场监督管理总局及其授权的省级市场监管部门：
根据《中华人民共和国监理法》等相关法律法规审批并颁发专业监理工程师证书。
全国工程咨询监理工程师联合会：
由全国数十家工程监理、设计等单位和行业协会组成的专业性组织，通过组织考试、评定等方式颁发专业监理工程师证书。
建设部及其下属的建设工程监理资质认定中心：
负责全国的监理工程师资格认证工作。
住房城乡建设部及其下属的中国建筑业协会：
负责监督和审核监理工程师的资质认定、资格检查等工作。
建议选择国家人力资源和社会保障部或其授权的省级人力资源和社会保障部门、国家市场监督管理总局及其授权的省级市场监管部门、全国工程咨询监理工程师联合会等官方或权威机构进行监理工程师的认证和培训，以确保证书的合法性和权威性。