建造师证书被单位扣留是违法的行为。根据《中华人民共和国劳动合同法》第九条的规定，用人单位不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，也不得要求劳动者提供担保或以其他名义向劳动者收取财物。如果您的建造师证书被单位扣留，您可以采取以下步骤：
沟通协商：
首先尝试与单位沟通，了解扣留证书的原因，并表达您的立场和需求。
劳动监察：
如果沟通无效，您可以向当地劳动监察部门投诉，请求他们介入调查并责令单位退还您的建造师证书。
法律途径：
如果劳动监察部门的介入仍未能解决问题，您可以考虑通过法律途径解决，比如申请劳动仲裁或提起诉讼。
注销手续：
如果证书已经被单位非法扣留，根据《注册建造师管理办法》第十七条，您可以要求注销原单位扣留的建造师证书，并收回或作废相关证件。
请确保在采取行动前收集所有相关证据，以便在需要时提供证明。