补办消防工程师证书需要按照以下步骤进行：
登报遗失
首先，您需要在当地报纸或官方网站上刊登遗失证明，以证明您的证书确实丢失。
准备材料
携带以下材料前往当地公安消防注册办公室进行申请：
身份证原件及复印件
学历证明
原证书复印件
遗失证明的报刊
聘用企业的营业执照等企业资料（如适用）
《注册消防工程师聘用信息登记表》
与现聘用单位签订的劳动合同或聘用文件、聘用证明
申请登记前三个月的社会保险证明
原工作或聘用单位出具的解聘合同、离职证明等证明材料（如适用）
提交申请
携带上述所有材料，前往当地公安消防注册办公室提交补办申请。
系统操作
登录注册消防工程师管理系统，选择补办注册证、印章，按照提示完成相关操作。
等待审核
提交申请后，当地消防部门会进行审核，一般需要15个工作日可以拿到新证书。
领取新证书
审核通过后，您可以按照消防部门的通知领取新的证书。
建议您在补办过程中，所有材料准备齐全，并提前咨询当地消防部门，以确保流程顺利进行。