二级建造师机构的审核流程通常包括以下几个步骤：
提交申请
申请人需要向当地的建设行政主管部门提交二级建造师注册申请，包括填写相关的注册申请表，并提供必要的个人身份证明、学历证书、建造师资格证书以及劳动合同等相关材料。
资料审查
建设行政主管部门会对提交的资料进行初步审查，以确认申请人是否符合注册条件，包括学历、工作经验、继续教育学时等。同时，也会对申请人的职业道德和执业行为进行审查。
单位资质审核
审核过程中会重点审核申请人所在的单位是否具备合法的资质，包括单位的营业执照、资质证书、安全生产许可证等，确保单位在建筑行业内有合法的经营资格和相应的工程承包能力。
公示与公告
通过初步审核后，建设行政主管部门会将申请人的相关信息进行公示，接受社会监督。公示期间无异议的，将予以正式公告。
注册发证
经过公示和公告后，符合条件的申请人将被准予注册，并颁发《二级建造师注册证书》。该证书是二级建造师执业资格的法定凭证，也是担任相应职务的必要条件。
后续监管
注册成功后，建设行政主管部门还会定期对二级建造师及其所在单位进行监督检查，以确保其持续符合执业要求。
建议申请人在申请过程中确保所有材料的真实性和完整性，提前了解并遵守当地建设行政主管部门的具体要求和流程，以提高审核通过率。