消防工程师证书的发放单位主要涉及以下几种：
应急管理部消防救援局：
根据文档内容，消防工程师证由应急管理部消防救援局颁发。
中华人民共和国人力资源和社会保障部与公安部消防局：
也有信息称该证书由这两部门联合颁发。
各地的人力资源和社会保障部门：
部分信息指出，消防工程师证书是由各地的人力资源和社会保障部门发放的。
行业协会：
某些行业可能有专门的消防工程师协会，负责行业内消防工程师的资质认证，但这不是主要的发放单位。
综合以上信息，可以得出结论：
一级注册消防工程师资格证书：由人力资源社会保障部和公安部共同颁发，分为纸质证书和电子证书两种形式，具体发放工作由各地人事部门负责。
二级注册消防工程师资格证书：由各省、自治区、直辖市人力资源社会保障行政主管部门颁发，省级人力资源社会保障行政主管部门和公安机关消防机构共同用印。
因此，消防工程师证书的发放单位可能是应急管理部消防救援局、中华人民共和国人力资源和社会保障部与公安部消防局，或者是各地的人力资源和社会保障部门，具体发放单位可能会根据考生的考试和审核情况有所不同。建议考生关注当地相关部门的官方通知以获取具体的发放信息。