消防工程师补考流程如下：
联系当地消防考试管理机构，了解补考的具体安排和要求。
准备相关材料，包括补考申请表、身份证复印件和原准考证等，并按照当地考试机构的要求提交这些材料。
等待审核，审核通过后，按照官方安排的时间和地点参加补考。
补考内容，补考的考试内容和原考试内容相同，因此考生需要针对未通过的科目进行有针对性的复习。
成绩管理，补考成绩以最终成绩为准，如果仍未通过，需要重新报名参加下一次考试。对于参加三个科目考试的人员，必须在连续三个考试年度内通过应试科目方可获得资格证书，有效期为3年；参加两个科目考试的人员则必须在连续两个考试年度内通过应试科目方可获得资格证书，有效期为2年。
建议考生提前了解并准备好所有必要的材料，合理安排复习时间，以确保能够顺利通过补考。