监理工程师在工程施工过程中的变更索赔主要涉及以下几个方面：
变更的条件与程序
变更必须得到监理工程师的指令，可以是书面的，也可以是口头的，但口头指令需要在两日内得到确认。
变更前，承包商需要提交建议书，包括变更的详细说明、进度计划、估价建议等，监理工程师应在规定时间内给予答复。
每一项变更应依据合同条款进行估价，除非工程师另有指示或批准。
变更索赔的程序
承包方在收到变更指示后应在规定时间内（通常为14天）提交变更报价书，监理工程师在7天内审查并报送发包人，发包人应在14天内审批完毕。
如果承包方未能在规定时间内发出索赔通知，将丧失延长工期和获得附加款项的权利。
索赔事件发生后，承包方应在28天内发出索赔意向通知，并在此后28天内提交详细的索赔报告及相关资料，监理工程师应在28天内给予答复，否则视为索赔成立。
变更索赔的成立条件
变更必须是在合同规定范围内，且对承包方造成了实际损失或影响。
索赔的依据必须充分，不能违反合同条款和法律法规。
索赔工作必须及时，在规定的期限内提交索赔申请。
变更索赔的定价原则
已标价工程量清单中有适用于变更工作的子目，采用该子目的单价计算变更费用。
已标价工程量清单中无适用于变更工作的子目，但有类似子目，可在合理范围内参照类似子目的单价，由监理人商定或确定变更工作的单价。
已标价工程量清单中无适用或类似子目的单价，可按照成本加利润的原则，由监理人商定或确定变更工作的单价。
变更索赔的管理与协商
总监理工程师组织专业监理工程师审查工程变更申请，提出审查意见，并对变更费用及工期影响进行评估。
总监理工程师应组织建设单位、施工单位等共同协商确定工程变更费用及工期变化，并会签工程变更单。
变更索赔的证据与谈判
承包商应加强合同管理，积累真实有效的索赔证据，如施工记录、会议纪要、检测报告等。
索赔的计算方法和索赔额要实事求是，确保合理，避免漫天要价。
力争单项索赔，避免一揽子索赔，以便于分析和及时得到支付。
以上是监理工程师在工程施工过程中处理变更索赔的主要步骤和注意事项。承包方和监理工程师应严格按照合同条款和程序进行操作，确保变更索赔的合理性和有效性。