建造师企业资质的缺点主要包括以下几点：
申请条件苛刻
建筑资质的申请需要满足许多条件，例如注册资本、人员数量、技术水平等。对于一些新成立或规模较小的企业来说，这些条件的满足可能会成为难点，导致企业在申请过程中遇到诸多困难，甚至无法顺利获得资质证书。
审核周期长
建筑资质的审核是一个复杂的过程，需要经过多个环节的审核和评估。由于大量的申请，审核机构的审核周期也会相应延长，甚至需要数个月的时间才能完成审核。这对急需资质的企业来说，可能会延误项目的进展。
资质更新和管理费用高
建筑资质的持有期限有限，需在资质到期前进行更新和审查。而且，由于资质管理和维护需要大量的人力、物力和财力投入，企业需要承担较高的管理费用。这对于一些中小型建筑企业来说，可能会造成较大的经济负担。
转让过程中的债务问题
在建筑资质转让过程中，如果转让结束后发现有未清偿的债务，这些债务就需要企业自己承担。如果企业在转让资质前先清偿债务，将耗费大量的时间和精力。如果转让企业有多项资质，而被转让的企业只需其中一项资质，就需要进行剥离分割，这对于企业来说是比较复杂和困难的。
法律风险
没有资质的建筑企业在从事工程施工项目时，其与发包人签订的合同及相关文件是不受法律保护的。这意味着，一旦发生合同纠纷或工程事故，企业将面临较大的法律风险。
资质维护成本高
企业为了保持资质等级，需要投入大量的人力、物力和财力用于人员培训、设备购置、业绩积累等方面，增加了企业的运营成本。
限制中小企业发展
较高的资质门槛可能使一些中小企业难以进入市场，限制了市场竞争的充分性，不利于行业的创新和发展。
资质办理流程复杂
办理建筑资质需要准备大量的材料，经过繁琐的审批流程，耗费企业大量的时间和精力。
可能导致资质挂靠现象
部分不具备资质的企业为了承接项目，通过挂靠有资质的企业来获取利益，这不仅扰乱了市场秩序，也给工程质量和安全带来隐患。
资质标准可能滞后
随着建筑行业的快速发展，技术和管理模式不断更新，现有的资质标准可能无法及时跟上行业变化，导致一些新兴的技术和业务模式难以得到有效认可。
综上所述，建造师企业资质制度虽然对企业的合法经营和市场竞争力有重要影响，但其缺点也不容忽视，需要企业、政府和社会共同努力进行改进和优化。