监理工程师系统注销的步骤如下：
登录系统
登录全国监理工程注册系统或中国工程建设信息网，进入相应的注册管理系统。
填写注销申请表
填写《注册监理工程师注销申请表》，并打印出来。本人需要签字确认。
提交申请材料
将填写好的注销申请表和相关材料（如身份证、监理工程师证书、执业印章等）提交给原聘用企业。
企业审核同意后，将材料报送到省建设厅政务中心。
审核过程
省建设厅政务中心对提交的材料进行审核，符合条件的将予以注销。
需要注意，在注销前，监理工程师需要满足一定条件，如不具有完全民事行为能力或年龄超过70周岁，或者注册业务不符合法定条件被吊销、撤销、注销执业资格等。
领取注销证明
审核通过后，建设部将收回监理工程师的证书和印章，并出具注销证明。
建议：
在进行注销前，务必仔细核对所有材料是否齐全，并提前了解当地的具体政策和流程，以确保注销过程顺利进行。