监理工程师在支付工程款中的职责主要是审核和确认承包人提交的工程款支付申请，确保工程进度和质量验收情况符合合同要求，并根据合同条款和实际情况进行支付。以下是详细的支付流程：
提交申请
监理单位提交工程款支付申请，包括工程进度、质量验收情况等相关资料。
审核申请
业主单位审核申请资料，确认工程进度和质量验收情况符合合同要求。
发放通知书
业主单位向监理单位发放工程款支付通知书，确认支付金额和支付方式等具体细节。
确认通知书
监理单位确认通知书内容并签字，确认接受支付方式和金额。
支付工程款
业主单位根据通知书要求，按照约定的方式向监理单位支付工程款。
确认收款
监理单位收到款项后，确认款项无误并签字。
签署确认书
业主单位和监理单位共同签署工程款支付确认书，确认款项已支付完成。
归档资料
业主单位将支付确认书和相关资料归档，作为后续工程结算和验收的重要依据。
此外，监理工程师在支付过程中还需注意以下几点：
对承包人要求支付的完建工程量要进行认真的计量和校核，确保质量符合要求，按合同规定的单价或价格支付。
对于合同外的支付项目，需征得发包人的书面确认或按照已形成的有关协议来处理。
在每次支付工程进度款时，要核查进度付款申请单的内容，并提出应支付金额及支持性材料。
通过以上流程和注意事项，监理工程师可以确保工程款的支付既符合合同约定，又保障工程质量和进度。