二级建造师资格证书的颁发机构如下：
国家层面
最初，二级建造师资格证书是由国家住房和城乡建设部门（简称住建部）颁发的。
后来，二级建造师资格证书的颁发机构变更为由各省、自治区、直辖市人事部门颁发，同时，这些证书只能在本省内注册使用，不能跨省份注册。
地方层面
具体到各省、自治区、直辖市，证书由当地省人力资源和社会保障厅颁发资格证书，而注册证书则由当地省住房和城乡建设厅颁发。
二建证书的发放地点为各省、自治区、直辖市的人事部门，一般由省级人事厅或建设厅负责颁发。
证书类型
二级建造师执业资格考试合格者，将获得由省、自治区、直辖市人事部门和住建部门共同颁发的《中华人民共和国二级建造师执业资格证书》。
取得建造师执业资格证书后，还需经过注册登记，才能获得二级建造师注册证书，注册后的建造师方可受聘执业。
综上所述，二级建造师资格证书最终由各省、自治区、直辖市的人事部门颁发，并且该证书在本省内有效，不能跨省份使用。如需跨省执业，需先在本省注册，再按照相关程序办理手续。