监理工程师回复签字流程如下：
项目经理签字并盖章
回复单首先需要由项目经理签字，并加盖施工单位的章子。
监理工程师审核并签字
监理工程师在审核回复单内容后，如果同意，将在回复单上签字，并加盖监理公司的章子。
整改与复查
如果监理单位发现问题并发出监理通知单，要求施工单位进行整改。施工单位完成整改后，需要向监理工程师提交整改回复。监理工程师会进行现场复查，根据复查结果签署意见：
如果合格，签署“已经整改，符合要求”。
如果不合格，签署“整改情况不符合要求，不予通过”。
部分整改的签署
如果整改是部分合格的，监理工程师需要对合格部分和不合格部分分别签署意见。
闭环管理
施工方在收到监理工程师的“监理工程师通知单”后，需要在监理的发文簿上签字收文。施工方根据通知单内容填写“监理通知回复单”，并回复给监理。监理复查通过后，监理工程师会签署意见，完成整个流程。
总结：
监理工程师回复签字流程包括项目经理的初步签字和盖章、监理工程师的审核和签字、整改与复查、部分整改的分别签署意见，以及最终的闭环管理。整个流程旨在确保工程质量和安全，并严格按照相关规定和标准执行。