造价工程师跨部门变更的流程如下：
提交变更申请
造价工程师可通过管理系统提交跨省或跨部门变更注册申请。
申请时需要填写《注册造价工程师变更注册申请表》（跨省级或部门），并提供相关材料。
原聘用单位审核
申请人需先向原聘用单位工商注册所在地的省级注册初审机关或部门注册初审机关申报，由原注册初审机关出具意见并收回原执业印章。
新聘用单位审核
申请人再向新聘用单位工商注册所在地的省级注册初审机关或部门注册初审机关申报，现注册初审机关对变更申请及相关材料进行审核，审核合格并签署审核意见后，将变更注册申请表及相关材料报送建设部，同时更换注册证书和执业印章。
备案与更新
省级或部门注册初审机关办理的变更应在办理完毕15日内向建设部备案，备案内容包括《注册造价工程师变更注册备案表》和修改的网上变更信息。
申请变更注册的人员应同时完成网上相关信息的变更，并在注册有效期届满前3个月内办理变更注册手续。
领取新证书
审批通过后，管理机构将在注册证书变更栏注明变更后单位名称，并重新换发执业专用章，审批数据将返回，并在登录后首页和上报业务查询处提示。
建议：
造价工程师在办理跨部门变更时，应确保所有材料的真实性和完整性，并按照规定的流程进行申请和审核。
在变更过程中，建议保持与原聘用单位和现聘用单位的沟通，确保变更过程顺畅。