水利造价工程师的注销程序如下：
准备注销申请资料
填写《注销注册申请表》。
提供身份证复印件和资格证书原件。
如有需要，还需提供解聘证明、申请书等相关材料。
提交注销申请
可以通过住房和城乡建设部官网办事大厅进行在线提交。
提交后，需要将书面材料原件及复印件报送到执业单位所属的省级或部门注册初审机构进行现场审核。
现场审核
注册初审机构对申请人的原件及相关资料审核后，原件退回本人，并交回造价工程师注册证书及执业专用章。
等待审批
初审机构审核合格后，将合格人员名单汇总并上报至住房城乡建设部审批。
部级审批完成后，将在“中价协网站”公布注销名单，并将审批数据返回个人注册系统。
领取注销证书
审批通过后，申请人可以在规定时间内到指定地点领取注销后的相关文件。
建议：
提前准备好所有必要的资料，确保资料的真实性和完整性。
确认好提交资料的途径和地址，确保顺利提交。
在整个过程中保持与注册初审机构和住房城乡建设部的沟通，及时了解注销进度和结果。