上海消防工程师的注销流程如下：
自行录入注销申请
注册消防工程师需要自行登录相关系统，录入注销申请。
提交注销申请及相关材料
提交注销申请表、个人身份证复印件、注册证等相关材料。
如果是离职注销，则需要提交书面离职申请，并经过单位审批通过。
等待审核
提交申请后，需要等待消防部门的审核。审批进度大约需要一周左右。
审核通过后完成注销
审核通过后，即可完成注销手续。
建议：
在进行注销前，请确保所有未了事项已经处理完毕，并妥善保管好所有相关证明文件。
如有疑问，可以联系当地消防部门获取具体指导和帮助。