如果公司扣除了您的监理工程师证，您可以采取以下措施：
与公司沟通
首先，与公司的人力资源部门或领导进行沟通，了解他们扣押您的证书的具体原因。
如果是因为您违反了公司的规定或合同，您需要承认错误并尽快纠正。
如果是因为公司的某些问题导致您的证书被扣押，您可以尝试与公司协商解决。
申请法律援助
如果您与公司无法协商解决，可以向当地的法律援助机构寻求帮助。
法律援助机构可以为您提供法律咨询和代理服务，帮助您维护自己的权益。
提起诉讼
如果您认为公司的行为违法，可以向法院提起诉讼。
在诉讼过程中，您需要提供证据证明公司的行为是违法的，并要求法院判决公司归还您的证书。
查阅合同与法律
检查您的劳动合同，看是否有关于此类情况的条款。
了解相关法律法规，如《中华人民共和国劳动合同法》等，以保护自己的权益。
收集证据
准备好所有与这个问题相关的证据，如工作合同、工资条、之前与公司沟通的记录等。
法律咨询
如果沟通无果，可以咨询专业的劳动法律师，获取法律意见和帮助。
劳动仲裁或诉讼
如果公司无正当理由扣留您的监理工程师证，且沟通和法律途径无法解决问题，您可以考虑通过劳动仲裁或直接提起诉讼来维护自己的权益。
建议您先与公司进行沟通，了解扣押证书的具体原因，并尽量通过协商解决问题。如果协商无果，再考虑采取法律手段。在整个过程中，保留好所有相关证据，以便在需要时提供支持。