监理工程师的含金量在不同专业之间有所差异，根据目前市场行情和多个来源的信息， 土木建筑工程专业的监理工程师证书含金量最高。以下是详细分析：
市场需求量
土木建筑工程的需求量最大，因此在找工作时较为吃香，具有较高的发展前景。
证书含金量排名
从证书含金量排名来看，土木建筑工程 > 交通运输工程 > 水利工程。
专业负责部门
土木建筑工程专业由住房和城乡建设部负责；
交通运输工程专业由交通运输部负责；
水利工程专业由水利部负责。
考试科目
土木建筑工程、交通运输工程、水利工程三个专业的考试科目有所不同，但公共科目均为《建设工程合同管理》和《建设工程监理基本理论和相关法规》，目标控制和案例分析为专业科目。
就业前景
由于土木建筑工程专业的监理工程师证书含金量较高，考取该证书的专业人士在就业市场上具有较大的竞争优势，能够从事的岗位较多，薪资待遇也相对较高。
综上所述，建议考生根据自身的实际情况选择报考专业，目前土木建筑工程专业的监理工程师证书含金量最高，但未来随着国家大力发展交通运输工程和水利工程，这两个专业的证书含金量也将逐年提升。