消防工程师主要使用的证书是 注册消防工程师资格证书。根据《注册消防工程师制度暂行规定》，消防工程师需要通过全国统一的消防工程师资格考试，获得一级或二级注册消防工程师资格证书，并依法注册后，方可从事消防安全技术工作。
此外，虽然消防设施操作员证和建构筑物消防员证等辅助证书对于从事消防安全相关工作也有一定的帮助，但它们并不是消防工程师必须持有的证书。这些辅助证书可能在某些特定岗位或单位中有其特定的用途，但在整体的职业资格要求中，注册消防工程师资格证书是最为核心和基本的。
综上所述，对于消防工程师来说，持有注册消防工程师资格证书是最基本的要求，而其他辅助证书可以作为补充，提升其职业竞争力。