是的，消防工程师证书可以注销。根据《注册消防工程师管理规定》，在以下几种情况下，注册消防工程师的注册将被注销：
注册有效期满未延续：
如果注册有效期满超过三个月未进行延续注册，注册证书将被注销。这意味着未在期满后三个月内办理延续手续的注册消防工程师，其注册资格将失效。
不具备完全民事行为能力或年龄超过70周岁：
如果注册消防工程师不具备完全民事行为能力或年龄超过70周岁，其注册也将被注销。
被撤销注册或吊销注册证：
如果注册消防工程师的注册被撤销或吊销，其注册证书将被注销。
执业期间受到刑事处罚：
如果注册消防工程师在执业期间受到刑事处罚，其注册将被注销。
聘用单位破产、解散、被撤销或被注销消防技术服务机构资质：
如果注册消防工程师的聘用单位发生上述情况，其注册将被注销。
与聘用单位解除（终止）工作关系超过三个月：
如果注册消防工程师与聘用单位解除（终止）工作关系超过三个月，其注册将被注销。
其他法律、行政法规规定的情形：
根据其他法律、行政法规的规定，注册消防工程师的注册也可能被注销。
注销后，注册消防工程师的注册证和执业印章将作废，且其在3年内不得再次申请注册。因此，建议注册消防工程师在注册有效期满前及时办理延续手续，以避免证书被注销。