当监理工程师指令有误时，施工单位可以采取以下步骤：
立即与监理工程师联系：
施工单位应首先与监理工程师进行沟通，明确指出错误指令导致的停工情况，并要求监理工程师及时修改错误指令并提供解决方案。
通知相关管理部门和业主：
为了保持透明度和及时解决问题，施工单位还应通知相关管理部门和业主，确保所有相关方都了解当前的情况和采取的措施。
保留追究责任的权利：
如果监理工程师的错误指令给施工单位造成了损失，施工单位有权保留追究责任的权利，包括要求赔偿损失等。
协商解决：
监理人和施工单位应以诚信和公平的态度进行协商，确保双方的权益得到保障。监理人应对错误进行深刻反思，并采取措施避免同类问题再次发生。
依据合同条款进行索赔：
如果合同中有相关条款，施工单位可以根据合同条款提出索赔要求。索赔可能包括返还或扣减监理费用、赔偿由指令错误造成的损失等。具体能否索赔利润以及索赔的具体范围和金额，需要根据合同的具体约定和法律的相关规定来确定。
提供证据：
在提出索赔时，施工单位通常需要提供充分的证据来证明监理指令的错误以及由此导致的损失，以便顺利进行索赔程序。
通过以上步骤，施工单位可以有效应对监理工程师指令有误的情况，维护自身的合法权益，并推动工程的顺利进行。