监理工程师资格证书是由 中华人民共和国住房和城乡建设部或其授权的地方建设管理部门颁发的。具体颁发机构如下：
全国注册监理工程师：
由中华人民共和国住房和城乡建设部、人事部统一命题和颁发执业资格证书，可以在全国范围内选择相应专业执业。
省级监理工程师：
由各省建设主管部门命题考试通过后颁发，可以在本省范围内选择相应专业执业，无需注册，但不能跨省市执业。
水利部监理工程师：
由水利协会颁发。
此外，不同地区的具体实施规定可能略有差异，但大体流程是相同的，即通过考试后，由相关部门颁发监理工程师资格证书。
建议您在考取监理工程师证书时，明确所报考的类别，以便了解具体的颁发机构和流程。