二级建造师的注册证书如果已经过期，可以采取以下措施进行处理：
重新注册
如果注册有效期届满且需要继续从事相关工作，可以在有效期满前30天内向原注册机构提出延续注册的申请。申请时需要提供相应的证明材料，如继续教育证明、执业业绩证明等。
参加继续教育
根据相关规定，二级建造师在注册有效期内应完成规定的继续教育学时。如果未能按时完成规定学时，可能会导致注册失效。因此，若因未完成继续教育而导致注册失效，应及时报名参加继续教育，并通过考核后，再向注册机构提出延续注册的申请。
更新个人信息
如果二级建造师的个人信息（如联系方式、工作单位等）发生变化，应及时向注册机构报告并更新信息。否则，可能导致注册失效。因此，一旦发现个人信息有变动，应立即进行更新。
解决违法违规行为
如果二级建造师因违法违规行为被吊销注册证书，那么在违规行为得到妥善解决之前，是无法重新注册的。因此，若因违法违规行为导致注册失效，应首先配合相关部门处理完毕，待违规行为得到妥善处理后，方可重新申请注册。
重新参加考试
如果二级建造师的注册失效时间过长，或者不符合延续注册的其他条件，可能需要重新参加建造师考试以获取注册资格。这种情况下，应关注当地的建造师考试动态，准备充分后报名参加建造师考试。
了解最新政策
由于政策可能会有所变动，因此建议及时关注并了解最新的建造师管理政策。可以通过官方网站或者咨询专业人士来获取最新的信息。了解最新政策有助于更好地规划个人的职业发展路径。
考虑升级资质
对于希望进一步提升自身职业竞争力的建造师来说，可以考虑考取更高级别的建造师资格证书，如一级建造师。这将有助于在建筑行业中获得更多的机会和更高的薪酬。
保持专业发展
无论是否直接涉及证书延期或升级，作为建造师都应该持续地提升自己的专业技能和知识水平。
综上所述，二级建造师注册证书过期后，可以通过重新注册、参加继续教育、更新个人信息、解决违法违规行为、重新参加考试、了解最新政策、考虑升级资质以及保持专业发展等方式来处理。