监理工程师证书扣分标准如下：
违反职业道德：
一次扣6分。
违反质量、安全规定：
一次扣12分。
情节严重：
吊销资格证书。
轻微违规：
扣2-5分。
中度违规：
扣6-10分。
重大违规：
扣11-20分。
未落实安全管理措施导致事故：
可能会被扣1到3个等级分。
未及时发现、处理质量问题：
可能会被扣1到3个等级分。
未正确参与质量安全验收和施工现场审核：
可能会被扣0.5个等级分。
未正确参与银行担保等程序：
可能会被扣0.5个等级分。
未如实填报行为：
可能会被扣0.5个等级分。
严重违规：
包括行贿、受贿、违法乱纪、监理事故造成严重后果等，一旦发现将直接取消其专业监理工程师证。
一般违规：
分为轻微、一般和较重三类，根据不同扣分数目采取的惩戒措施也不同，比如，轻微的违规行为会被扣除1-3分，而较重的违规行为则可能会被扣除10-20分。
建议监理工程师在执业过程中严格遵守相关规定，以确保工程质量和安全，避免违规行为的发生。