二级建造师在处理工程变更时，应当遵循以下程序：
接到变更申请
变更申请应当包含变更的内容、原因、影响等信息，并由相关单位或个人签字确认。
技术论证
对变更申请进行技术论证，评估变更对工程的影响，包括造价、工期、质量等方面。
必要时可以邀请相关专家进行论证。
变更协商
与业主、设计单位、监理单位等进行变更协商，达成一致意见。
协商内容包括变更内容、费用、工期等。
编制变更方案
根据协商结果，编制详细的变更方案，包括变更设计图纸、施工方案、材料清单等。
确保变更后工程的质量和安全。
备案与手续办理
将变更方案报相关主管部门备案，办理相关手续，确保变更合法有效。
在备案完成后，施工单位可以进行变更施工。
注意事项：
变更申请资料要准确、完整、清晰，变更原因需要详细说明。
在申请表格上填写时，要认真阅读并遵守相关的规定和要求。
变更过程中，需注意所有材料的真实性和完整性，变更申请应在原聘用单位解聘后三个月内提出。
变更注册单位时，应确保新聘用单位具有相应的资质。
对于变更注册的建造师，需完成规定的继续教育课时。
如需跨省变更注册单位，还需提供与原聘用单位解除聘用合同或合同到期等的相关证明。
这些步骤和注意事项将帮助二级建造师顺利处理工程变更，确保工程的顺利进行和合法合规。