安全工程师证可以由以下机构办理：
国家安全监管部门
例如，中国国家安全生产监督管理总局、中国国家信息安全漏洞管理与应急响应中心等。
认证机构
例如，中国计算机技术人才认证中心、中国信息安全测评中心等。
培训机构
一些安全培训机构也可以提供安全工程师培训，并颁发相应的证明，但这类证明的权威性可能不如国家安全监管部门或认证机构颁发的证明高。
建议选择以上机构中的任意一个进行办理，以确保所获得的证书具有相应的权威性和认可度。具体办理流程和要求，可以前往相关机构的官方网站或前往当地办公地点进行详细咨询。