安全工程师资格证书的颁发机构如下：
国家安全生产监督管理总局（应急管理部）
安全工程师证是由国家安全生产监督管理总局（应急管理部）颁发的。
中国安全生产监督管理局
安全工程师证是由中国安全生产监督管理局发放的。
中华人民共和国人力资源和社会保障部
安全工程师证书由中华人民共和国人力资源和社会保障部颁发。
各省、自治区、直辖市人力资源和社会保障部门
安全工程师执业资格证书由各省、自治区、直辖市人事部门颁发，具体实施由各省、自治区、直辖市人力资源和社会保障部门负责。
建议
国家安全生产监督管理总局（应急管理部）和 中国安全生产监督管理局均有权颁发安全工程师资格证书，建议选择其中一个机构进行报考和领证。
中华人民共和国人力资源和社会保障部作为发证机构之一，也具备相应的权威性。
具体选择哪个机构进行报考和领证，建议根据个人所在地区和相关政策进行选择，以确保顺利获取证书。