如果公司不愿意给员工颁发二级建造师证书，可以采取以下措施：
沟通协商
首先，尝试与原单位进行沟通，了解他们不给证书的具体原因。可能是手续或流程上的问题，看看是否可以协商解决。
法律依据
根据我国相关法律法规，员工离职后，原单位应将员工的资格证书等个人资料归还给员工。可以查阅《劳动合同法》、《资格证书管理办法》等相关法律法规，了解自己的权益。
维权途径
向劳动监察部门投诉：如果沟通无果，可以向当地的劳动监察部门投诉，请求他们介入调查。
申请劳动仲裁：如果劳动监察部门无法解决问题，可以申请劳动仲裁，要求原单位归还二级建造师证。
起诉：如果仲裁结果仍不满意，可以向法院起诉，维护自己的合法权益。
其他建议
如果公司是因为挂靠行为而扣证，需要明确双方的法律责任，并通过法律途径解决。挂靠行为本身违反建设部的规定，因此双方通过法律途径可能得不到支持，具体问题要具体分析。
可以考虑将证书丢失并挂失，然后重新注册到其他公司。
预防措施
在选择公司时，尽量选择诚信、专业的企业，以保证个人的职业发展和利益。
在离职前，确保与公司协商好证书归还事宜，避免因手续不全而产生纠纷。
通过以上措施，可以有效地维护自己的合法权益，确保能够顺利获得二级建造师证书。