监理工程师如果发现自己的注册证书已经逾期，需要采取以下步骤进行处理：
申请继续教育：
逾期后，监理工程师首先需要通过规定的继续教育课程，以更新知识和技能。
重新注册：
完成继续教育后，监理工程师应向所在省、自治区、直辖市的人力资源社会保障部门提出重新注册申请。
准备申请材料：
在申请过程中，需要准备包括个人身份证、学历证明、培训记录证明、职称等级证明、工资及社会保险缴费证明等相关材料。
说明逾期原因：
在申请中，监理工程师需要详细说明逾期的原因，并提供相应的证明材料。
参加职业能力测试：
可能需要通过职业能力测试，以证明其专业技能和业务水平符合要求。
接受监督检查：
完成补证程序后，监理工程师在进行监理工作时还需接受相关部门的监督检查。
逾期注册可能会对监理工程师的个人声誉和事业发展产生影响，同时也可能影响建筑工程的质量和安全。因此，监理工程师应该及时关注自己的注册状态，并按照规定程序完成更新和重新注册，以避免对职业和工程造成不利影响