安全工程师证书的发证机构如下：
中国安全生产监督管理局
早期由该机构发放安全工程师证。
中华人民共和国人力资源和社会保障部
该部与应急管理部联合颁发注册安全工程师职业资格证书。
中华人民共和国应急管理部
该部与人力资源和社会保障部联合颁发注册安全工程师职业资格证书。
各省、自治区、直辖市人事部门
注册安全工程师执业资格考试合格后，由各省、自治区、直辖市人事部门颁发人事部统一印制，人事部和国家安全生产监督管理局用印的《中华人民共和国注册安全工程师执业资格证书》。
综上所述，安全工程师证书的发证机构包括中国安全生产监督管理局、中华人民共和国人力资源和社会保障部、中华人民共和国应急管理部以及各省、自治区、直辖市人事部门。具体颁发机构可能会因不同考试和证书类型有所差异，建议参考最新的官方通知和规定。