造价工程师资格证书的签发机关为 中华人民共和国住房和城乡建设部。具体而言，一级造价工程师执业资格考试合格者由各省、自治区、直辖市人事（职改）部门颁发人事部统一印制的、人事部与建设部用印的《造价工程师执业资格证书》，该证书在全国范围内有效。二级造价工程师职业资格考试合格者，由各省、自治区、直辖市人力资源社会保障行政主管部门颁发中华人民共和国二级造价工程师职业资格证书，该证书由人力资源社会保障部统一印制，住房城乡建设部、交通运输部、水利部按专业类别分别与人力资源社会部保障部用印，原则上在所在行政区域内有效。
因此，造价工程师资格证书的签发机关为中华人民共和国住房和城乡建设部。