监理工程师在签署工程签证单批复时，应当遵循以下步骤和注意事项：
审核内容的准确性
核实签证内容是否真实、准确，确保签证事项符合实际情况。
如有必要，要求提供相关图纸或测量数据作为计算依据，并附上相应的测量记录。
审核签证数量的准确性
对签证工程量进行复核，确保工程量的计算准确无误。
可以通过现场测量、查阅相关资料等方式，验证签证数量的真实性。
签署审批意见
在确认签证单内容、填写和数量均无误后，甲方监理应在签证单上签署审批意见。
审批意见应包括对签证事项的确认、审批结果（同意或不同意）及签署日期。
审批意见应清晰、明确，避免使用模糊、不确定的词语。
遵守审批流程
按照公司或项目的审批流程，将签署完毕的签证单提交给相关部门或人员进行后续审批。
确保审批流程的合规性，避免因流程问题导致签证单无效。
其他注意事项
工程量签证单监理意见应包括：此次签证内容建设单位已下达指令单、参建各单位到场人员齐全、收方签证的具体实施工作已完成、签证内容质量验收合格、安全文明施工措施已实施到位，符合要求、具体收方签证工程量数据最终已建设单位审定为准。
现场签证审批单监理单位意见栏的填写应根据实际情况进行书写，可能适用的意见包括：同意该签证单、不同意该签证单、需要进一步核实该签证单、需要补充相关信息。无论哪种意见，都应该在签证单上明确注明，并签署监理工程师姓名和日期。
综上所述，监理工程师在签署工程签证单批复时，应确保内容、数量和流程的准确性和合规性，并在签证单上明确表达审批意见。