监理工程师的职能模式主要包括以下几种：
直线式
特点：只接受唯一上级的命令，项目监理机构中不再另设职能部门。
适用范围：适用于小项目或能划分为若干相对独立的子项目的大、中型建设工程。
优点：组织机构简单，权力集中，命令统一，职责分明，决策迅速，隶属关系明确。
缺点：实行没有职能部门的“个人管理”，要求总监成为“全能”式人物。
职能式
特点：项目监理机构内设立职能部门，各职能部门在其职能范围内有权直接发布指令指挥下级。
适用范围：适用于大中型建设工程。
优点：加强职能化分工，可发挥职能机构的专业管理作用，提高管理效率，减轻总监负担。
缺点：下级人员受多头指挥，如果这些指令相互矛盾，会使下级在监理工作中无所适从。
矩阵制
特点：由纵横两套管理系统组成的矩阵组织结构（纵向职能系统+横向子项目系统）+交叉点两者协同解决问题。
优点：加强了各职能部门的横向联系，具有较大的机动性和适应性。将上下左右集权与分权实行最优结合，有利于解决复杂问题，有利于监理人员业务能力的培养。
缺点：纵横向协调工作量大，处理不当会造成扯皮现象，产生矛盾。
直线职能式
特点：一类是直线指挥部门的人员，有指挥命令下级权力，并对该部门的工作全面负责。另一类是职能部门的人员，是直线指挥人员的参谋，只业务指导，不直接指挥和发布命令。
优点：既保持了直线制组织实行直线领导、统一指挥、职责分明的优点，又保持了职能制组织目标管理专业化的优点。
缺点：职能部门与指挥部门易产生矛盾，信息传递路线长，不利于互通信息。
这些职能模式各有优缺点，适用于不同的工程规模和管理需求。在选择职能模式时，应综合考虑工程规模、复杂程度、管理效率、资源条件及组织文化等因素。